Разница большей частью в поддерживаемых языках.
Win - более приспособлен для работы с ASP
Unix - более приспособлен к PHP, PERL.и большей частью руководствоваться надо именно тем что надо от хостинга.
Если хочется сделать систему веб-интерфейса для банка... то лучше WIN (так как ASP в некотором роде будет более удобен)
с другой стороны, не надо забывать и о такой вещи как стоимость программирования.
Скрипт написанный на php в 2-3 раза дешевле написанного на perl и 3-4 раза чем на asp...

---

личное мнение... когда вам приходилось перезагружать компьютер?.. я думаю у вас винда.... иначе вы бы не задавали таких вопросов...
сервера конечно более стабильно работают... но посмотрите в инете статистику по процентному соотношению серверов на разных платформах...
за последние несколько лет.... win-серверов стало заметнее меньше...